הפרשה לא רק ביססה את עקרון "לא יהיו שני צבאות", אלא גם הציבה גבול לכוחה של הממשלה מול החייל שמחזיק בנשק • סירובם של לוחמים לירות באלטלנה המחיש כי ציות אינו יכול לבטל את שיקול הדעת המוסרי של הפרט